Der Sektorenauftraggeber kann ein System zur Prüfung von Unternehmern einrichten und betreiben („Präqualifikationsverfahren“). Er hat dabei sicherzustellen, dass sich Unternehmer jederzeit einer Prüfung unterziehen können. Das Prüfsystem kann verschiedene Stufen umfassen. Der Sektorenauftraggeber hat objektive Prüfkriterien und Prüfregeln zur Eignung von Unternehmern und zur Funktionsweise des Prüfsystems festzulegen. Die Prüfkriterien und Prüfregeln sind interessierten Unternehmern auf Antrag zur Verfügung zu stellen. Erfolgreiche Unternehmer werden in ein Verzeichnis aufgenommen.

Der Vorteil der Einrichtung eines Prüfsystems liegt darin, dass der Sektorenauftraggeber das Prüfsystem für eine Bekanntmachung nützen kann. In diesem Fall ist bei nicht offenen und Verhandlungsverfahren die erste Phase, das sogenannte „short-listing“, insofern einfacher gestaltet, als dass der Sektorenauftraggeber die Auswahl der Teilnehmer an derartigen Verfahren - ohne erneute Bekanntmachung - nur unter den sich im Rahmen des Prüfsystems qualifizierten Unternehmern vornehmen kann.